信息技术中心历经网络信息中心、现代教育技术中心两次更名，先后隶属于学院宣传部、学院办公室，于2010年12月独立设置，处级建制。信息技术中心集技术服务、科学研究、系统研发、教育教学、技术培训于一体，是学校信息化建设的技术部门和服务部门。

信息技术中心下设网络技术科、信息服务科、网络管理科3个科室，现有工作人员9人。

历史沿革：

1999年9月，学校启动校园网建设；

2000年3月，成功开通校园网；

2000年7月，接入中国教育与科研计算机网（CERNET）；

2004年9月，日照校区校园网络启用，并成功实现两校区专线互联；

2007年12月，日照校区家属区网络并入校园网；

2005年～2008年，学校先后开通邮件系统、智能办公系统、文件传输、资产管理、教务管理、网络教学等应用系统；

2009年3月，学校一卡通系统正式启用；

2010年9月，济宁新校区数据中心建设完成并投入使用；

2010年12月，济宁新校区WLAN正式启用；

2011年12月，日照校区数据机房改造完成；

2012年2月，一体化数字化教学与管理综合支撑环境上线；

2012年9月，学校论证通过《济宁医学院数字校园建设规划报告》；

2013年4月，学校网络视频会议系统试运行。 

2013年7月，成立信息服务科与网络技术科。

2013年12月，学校被确定为中国教育和科研计算机网城市节点单位。

2014年1月，日照校区家属区完成网络割接。

2014年11月，我校被确定为山东省首批信息化试点单位。

2015年6月，完成日照校区网络设备升级改造。

2015年11月，完成学校十三五规划的制订。

2016年4月，新版OA系统试运行。

2016年6月，新版主网站及站群系统正式上线运用。

2016年9月，新版邮件系统正式启用。

2017年9月，我校以优秀成绩荣获山东省第一批教育信息化示范单位。

2017年11月，网络安全体系建成并投入使用。

2017年12月，完成相关信息系统等保测评工作。

2018年8月，任城校区网络开通使用。

2018年8月，学校“三区一园”实现互联互通。

2018年9月，太白湖校区无线网络试运行。

2018年10月，学校IPV6正式开通。

2019年4月，新版网站群系统投入使用。